این سازمان توسط سه تن از پروردگان مهندس مهدی بازرگان تشکیل شد. دو نفر از این سه نفر تورک بودند. محمد حنیفنژاد تبریزی (دانشجوی مقطع لیسانس کشاورزی)، سعید محسن زنجانی؛ و اصغر بدیعزادگان فارس بود.
ایدئولوژی این سازمان ملغمهای است از مارکسیسم و اسلام. سازمان مجاهدین خلق آموزههای ماتریالیسم تاریخی را برنامۀ عمل انقلابی و علمی میداند. اما با تکیه به ادبیات اسلامی فرماسیون کمونیستی را جامعۀ بیطبقۀ توحیدی مینامد. انگارههای مارکسیسم را در زمینۀ شناخت کاملاً قبول کرده بود.
البته قبل از انقلاب اکثریت قریب به اتفاق اعضا و رهبران خارج از زندان به رهبری تقی شهرام با قبول جزء دیگر مارکسیسم یعنی ماتریالیسم دیالکتیک با کشتن مجید شریف واقفی و صمدیه لباف نام سازمان را به سازمان پیکار در راه آزادی طبقۀ کارگر تغییر دادند.
اما در داخل زندان عدهای به رهبری مسعود رجوی در مقابل تغییر ایدئولوژی سازمان مقاومت کردند و با آزادی از زندان در قالب سازمان مجاهدین خلق ایران شروع به فعالیت کردند که در اندک زمانی طرفداران بسیاری در اقصا نقاط کشور بدست آورده و به سازمانی بسیار قوی و فراگیر تبدیل شدند. مسعود رجوی در نزد هواداران شخصیت کاریزماتیک پیدا کرده بود، با اشارهاش هواداران نه با پا که با سر به سوی مرگ میشتافتند.
منشأ شخصیت کاریزماتیک مسعود رجوی سی ساله، هفت سال زنداناش بود. قانونی در جوامع عقبماندۀ غرق در هیجان و احساسات وجود دارد که زندان بسان اکسیری هر آهن زنگزده را به طلای ناب تبدیل میکند. رجوی سرمست و مغرور از این جایگاهش در سیام خرداد ۱۳۶۰ تظاهرات سراسری راه انداخت و اعلام جنگ مسلحانه کرد.
به دنبال جنگ مسلحانه عدۀ زیادی از هر دو طرف کشته و اعدام شدند و تعداد زیادی از اعضا و هواداران مجبور به مهاجرت شدند. رجوی به عراق صدام رو آورد تا با سلاح و پشتیبانی وی قدرت را در ایران بدست گیرد، که نتوانست.